Завод за јавно здравље Шабац има акредитоване лабораторије за физичко-хемијске и микробиолошке анализе намирница, предмета опште употребе и брисева. Као здравствена установа, завод врши санитарно-хигијенски надзор у објектима за производњу хране са којима има уговор о унутрашњој контроли, а посебан акценат ставља на  кухиње у предшколским установама на територији Мачванског управног округа. Завод делимично учествује у контроли хране на увозу, која је у надлежности Министарства здравља. Као лабораторија на тржишту, завод је један од субјеката који врши анализе квалитета и здравствене безбедности хране.

У оквиру надлежности Министарства здравља и соптвених података, завод прати и анализира податке о исправности и о томе извештава ИЗЈЗС “Др Милан Јовановић- Батут”.

Завод за јавно здравље Шабац пружа и може да пружи подршку субјектима у пословању са храном приликом имплементације HACCP система, кроз контролу „Добре хигијенске праксеˮ и лабораторијске анализе како саме хране, тако и предмета опште употребе, који долазе у контакт са храном, и брисева радних површина, предмета и руку запослених.